Water kan de oorzaak zijn van allerlei problemen zoals de vorming van kalksteen, het veroorzaken van corrosie en vervuiling (al dan niet biologisch). Dit komt doordat water vaak storende elementen bevat die kunnen leiden tot allerlei problemen. Zo kunnen de mineralen die zich in het water bevinden gaan afzetten waardoor er storingen kunnen optreden in de waterhuishouding. Dit kan eveneens gebeuren door zogenaamde biologische vervuiling. Dit is een vorm van vervuiling die wordt veroorzaakt door bacteriën, schimmels of algen.

Om dergelijke problemen te kunnen voorkomen of bestrijden zijn er zowel chemische middelen als mechanisch oplossingen aan te dragen. In de meeste gevallen kan een goede waterontharder al een groot deel van de problemen voorkomen danwel oplossen. Er zal zich dan immers geen neerslag van calcium- en magnesiumionen meer vormen op bijvoorbeeld verwarmingselementen in een waterverwarmingssysteem.

Verder kan het afvoeren van vervuild water een probleem opleveren. Men kan het water immers wel schoonmaken maar dan blijft er als restproduct een vervuild soort slib over. Om het volume van dit slib te kunnen beperken zijn er apparaten in de handel die het grootste gedeelte van het water uit het slib halen zodat er veel minder stof overblijft.

Wanneer men chemische stoffen aan een watersysteem gaat toevoegen dan dient men dit uiterst voorzichtig en nauwkeurig te doen. Sommige chemicaliën kunnen immers vervelende gevolgen hebben voor de menselijke gezondheid bij verkeerd gebruik. Over het algemeen worden chemische middelen alleen ingezet bij koel- en ketelwater om geen risico’s te lopen ten aanzien van de gezondheid.